12 czerwca 2012 roku sejmowa Komisja Sprawiedliwości i Praw Człowieka rozpatrywała Sprawozdanie z działalności Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych w roku 2011 (druk nr 444). W sprawozdaniu GIODO sugeruje aby prawnie uregulować formę występowania z kościołów, tak aby ani urzędy, ani sądy nie miały już w tej kwestii wątpliwości.
GIODO odniósł się w sprawozdaniu do rozstrzygnięć, jakie zapadły przed WSA w Warszawie na skutek wniesionych skarg dot. spraw z zakresu przetwarzania danych osobowych osób należących do związków wyznaniowych (strona 234 Sprawozdania). Ciekawa jest też analiza tego jakie dane o wyznawcach mogą przetwarzać związki wyznaniowe i kiedy powinny je usunąć ze swych rejestrów (strona 257 Sprawozdania). Jeśli chodzi o kwestie występowania z kościołów to w Sprawozdaniu znalazł się taki fragment:
W praktyce swego działania organ ds. ochrony danych napotykał też problemy z określeniem, czy dana osoba należy czy też nie należy do danego kościoła lub związku wyznaniowego. W opinii GIODO wskazane byłoby uregulowanie tej kwestii zarówno w przypadku kościołów i związków wyznaniowych, które posiadają osobną regulację ustawową o stosunku Państwa do nich, jak i w przypadku innych kościołów i związków wyznaniowych wpisanych do rejestru prowadzonego przez Ministra Administracji i Cyfryzacji.
W opinii Generalnego Inspektora autonomia kościołów i związków wyznaniowych gwarantowana przez Konstytucję RP nie wyklucza innego uregulowania kwestii uprawnień kontrolnych GIODO i kwestii związanych z rejestracją zbiorów danych osobowych prowadzonych przez kościoły i związki wyznaniowe, niż jest to przewidziane przez obecnie obowiązujące przepisy prawa, co można by rozważyć przy kolejnej nowelizacji ustawy o ochronie danych osobowych.
Zagadnienie formy wystąpienia z kościoła lub związku wyznaniowego znacząco przekracza uprawnienia GIODO i zapewne powinno być zróżnicowane w stosunku do różnych kościołów i związków wyznaniowych. Byłoby jednakże wskazane określenie w przypadku każdego z kościołów i związków wyznaniowych, od którego momentu należy uznawać publiczno-prawne skutki wystąpienia z kościoła lub związku wyznaniowego. Obecna sytuacja prawna prowadzi do znaczącej niepewności i - choć decyzję Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych, opierające się na dziś obowiązujących przepisach, nie są kwestionowane przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, to de lege ferenda GIODO sugeruje, by w przyszłych rozwiązaniach prawnych dotyczących statusu kościołów i związków wyznaniowych w Polsce kwestie te uregulować prawnie w sposób niepozostawiający wątpliwości interpretacyjnych.